Ⅲ. 平成（1989年-2019年）金融制度改革、信託2法の改正と信託機能の活用の広がり

昭和の終わりから平成にかけて、信託協会は時代のニーズに沿った体制整備を行ってきました。
昭和59（1984）年12月には、外国銀行の信託業務への参入や海外の金融機関、団体等の情報収集、照会および来訪への対応等を行う「国際関係連絡室」を設置（平成12（2000）年3月に事務局組織の見直しにより廃止）しました。
また、信託銀行等としてのコンプライアンスを強化するため、平成9（1997）年10月にコンプライアンス推進室を設置しました。同室は、「信託業務における公正取引に関する手引」の改訂、倫理綱領の制定やその後の改正等を所管しています。
西暦2000年問題（いわゆるコンピューターの誤作動問題）に係る取組みや照会対応等を行う、西暦2000年問題連絡室を平成11（1999）年9月に設置しました。最重要課題であった平成11（1999）年から平成12（2000）年にかけての年末年始等の対応を無事終えたことから、平成12（2000）年4月に同室は廃止されました。
平成12（2000）年4月に、意思決定の迅速化を図るため、各部門において課を廃止し、グループ制を導入しました。その後、事務局組織の見直しに伴い、平成18（2006）年3月31日にグループ制は廃止されました。
平成15（2003）年11月に、信託関連法の改正に適切に対応するため、法令改正監理室を設置しました。同室は信託業法、信託法改正に関係する業務を行い、最終的に信託法改正関係法案が平成18（2006）年3月に国会に提出されたことを受け、その役割を終えたものとして同月廃止されました。
平成17（2005）年4月の個人情報保護法施行に伴い、信託協会は同月、認定個人情報保護団体となりました。それに伴い、同年3月に認定個人情報保護団体に係る業務を担う個人情報保護推進室を設置し、個人情報の保護と利用に関する業務を担うことになりました。
平成19（2007）年4月に、関係省庁に対する税制改正や規制改革といった要望活動を実施する部門として、企画室を設置しました。

信託協会は、平成21（2009）年4月1日付にて、金融庁より、金融商品取引法の規定に基づく認定投資者保護団体としての認定を取得しました。
同年6月に金融分野における裁判外紛争解決制度（金融ADR制度）の創設が盛り込まれた「金融商品取引法の一部を改正する法律」が成立したことを踏まえて、信託業法および兼営法に係る指定紛争解決機関の指定申請を行い、平成22（2010）年9月15日付で金融庁から同機関としての指定を受け、同年10月1日から同機関としての業務を開始しました。
なお、指定紛争解決機関の指定に伴い、平成22（2010）年10月1日をもって、認定投資者保護団体としての業務を終了しました。

平成20（2008）年12月に施行された公益法人制度改革に係る関係法律を受けて、従来の社団/財団法人は「特例民法法人」となり、平成25（2013）年11月までに「一般社団/財団法人」か、「公益社団/財団法人」のいずれかに移行する選択が求められました。
信託協会は、一般社団法人へ移行することを決定し、平成23（2011）年9月26日に一般社団法人への移行認可を得て、「一般社団法人信託協会」となりました。

平成23（2011）年7月、信託協会が入居する日本ビルヂングについて、ビルの再開発事業に伴い、平成28（2016）年3月末をもって閉館することを受け、移転先を検討することとなりました。
検討の結果、千代田区丸の内の岸本ビル1階へ平成26（2014）年12月22日に移転し、現在にいたります。